Bioinformatická platforma pro výzkumnou laboratoř, která studuje rostlinné organelární RNA polymerázy. Tyto enzymy jsou klíčové pro pochopení, jak rostliny reagují na změny klimatu a jak je využít pro biofarming léčiv.
Vědec zadá Gene ID a dostane kompletní obraz proteinu (sekvenci, 3D strukturu, publikace i genomický kontext) sjednocený z veřejných zdrojů (NCBI, AlphaFold a další) v jedné databázi, místo ručního skládání z několika webů. Kromě toho může nahrát i vlastní data.
Data o proteinech jsou roztroušená v pěti veřejných databázích (NCBI, UniProt, AlphaFold, PubMed, IGV). V každé jiný identifikátor, jiný formát, jiný kus mozaiky. Vědci si museli celý obraz skládat ručně. Na jeden protein tak padly i hodiny a jasný výstup často žádný.
Zadání přišlo od Dr. F. Vanessy Loiacono, vedoucí laboratoře. Potřebovali uživatelské rozhraní, které data ze všech veřejných zdrojů sjednotí do jednoho pohledu na protein, k tomu automatické stahování a aktualizace dat. Nejdřív jako interní nástroj skupiny, výhledově otevřená platforma pro širší výzkumnou komunitu. Do dalších fází je v plánu propojení s AI modelem pro návrh syntetických proteinů.
Backend má vlastní modul pro každý ze zdrojů (NCBI, UniProt, AlphaFold, PubMed, IGV) a stahuje z nich data. Databáze je slévá do jednoho záznamu na protein. Frontend potom všechno zobrazuje v jednom pohledu.
Záznam sdružuje základní údaje o proteinu, jeho sekvenci, 3D strukturu (včetně toho, jak je předpověď spolehlivá), odkazy na související studie a poznámky, které si vědci sami přidávají.
Automatický import podle Gene ID, nebo ruční nahrání vlastní sekvence.
Poprvé přímo, vedle sebe, v jednom rozhraní.
Strukturu lze v prohlížeči volně otáčet, přibližovat i posouvat.
Klik na písmeno v sekvenci vyznačí odpovídající místo v modelu.
Poznámky vědců zvlášť, zdrojová data zůstávají čistá.
Každý nový Gene ID přibude jako protein pro celou skupinu.
Platformu jsem prezentovala Dr. F. Vanesse Loiacono ve dvou kolech: nejdřív první verzi podle písemného zadání, poté upravenou verzi podle jejích připomínek. Druhé prezentace se účastnili i dva studenti doktorského studia. Všichni ocenili přehlednost a sjednocení dat na jednom místě. Ušetří jim čas, který můžou věnovat samotnému výzkumu.
Zpětná vazba z prezentací · ReguPlast Lab, UK
Dva výhledové záměry zapsané v projektovém briefu laboratoře:
AI-asistovaný framework pro návrh syntetických proteinů. Propojení platformy s AI modelem, aby si vědci mohli simulovat a testovat nové 3D modely proteinů.
Otevření platformy širší výzkumné komunitě. Současná verze slouží skupině Dr. Loiacono; ve výhledu je zpřístupnit ji vědcům mimo laboratoř.